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Avogadro 1.2 Ubuntu 16 Installationsfehler. CMAKE machen

Ich habe versucht, Avogadro 1.2 in Ubuntu 16.4 zu installieren. Ich habe alle Schritte befolgt und alle fehlenden Abhängigkeiten installiert. Schließlich ist beim Kompilieren der folgende Fehler aufgetreten: cmake ../ und mache einen Befehlsschritt gemäß der Anweisung in der Installationsdatei.

Ich habe verschiedene Versionen von Avogadro von ihrer eigenen Seite von Github aus probiert. Ich habe auch eigen3 entfernt und eigen2 version installiert aber gleiches problem.

Aber es funktioniert gut in Ubuntu Bionic Bcoz es ist Standard-Paket. https://launchpad.net/ubuntu/+source/avogadro/1.2.0-4build1

Also, wenn jemand mich bei der Installation über den obigen Link anleitet oder den folgenden Fehler behebt, dann bin ich glücklich.

[email protected]:~/avogadro-master/build$ make
[  0%] Generating moc_elementcolor.cxx
Scanning dependencies of target elementcolor
[  0%] Building CXX object libavogadro/src/colors/CMakeFiles/elementcolor.dir/elementcolor.cpp.o
In file included from /usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/atom.h:33:0,
                 from /usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/mol.h:42,
                 from /home/surya/avogadro-master/libavogadro/src/colors/elementcolor.cpp:31:
/usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/base.h:287:68: warning: unused parameter ‘replaceNewlines’ [-Wunused-parameter]
       virtual const char  *GetTitle(bool UNUSED(replaceNewlines) = true) const { return "";}
                                                                    ^
[  1%] Building CXX object libavogadro/src/colors/CMakeFiles/elementcolor.dir/moc_elementcolor.cxx.o
[  1%] Linking CXX static library elementcolor.a
[  1%] Built target elementcolor
[  1%] Generating ui_bsdysettingswidget.h
[  1%] Generating moc_bsdyengine.cxx
Scanning dependencies of target bsdyengine
[  1%] Building CXX object libavogadro/src/engines/CMakeFiles/bsdyengine.dir/bsdyengine.cpp.o
In file included from /usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/atom.h:33:0,
                 from /usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/mol.h:42,
                 from /home/surya/avogadro-master/libavogadro/src/engines/bsdyengine.cpp:39:
/usr/local/include/openbabel-2.0/openbabel/base.h:287:68: warning: unused parameter ‘replaceNewlines’ [-Wunused-parameter]
       virtual const char  *GetTitle(bool UNUSED(replaceNewlines) = true) const { return "";}
                                                                    ^
[  1%] Building CXX object libavogadro/src/engines/CMakeFiles/bsdyengine.dir/moc_bsdyengine.cxx.o
In file included from /home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/include/avogadro/primitivelist.h:29:0,
                 from /home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/include/avogadro/engine.h:37,
                 from /home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/src/engines/../../../../libavogadro/src/engines/bsdyengine.h:29,
                 from /home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/src/engines/moc_bsdyengine.cxx:9:
/home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/include/avogadro/primitive.h:42:23: warning: ‘Avogadro::FALSE_ID’ defined but not used [-Wunused-variable]
   const unsigned long FALSE_ID = std::numeric_limits<unsigned long>::max();
                       ^
[  1%] Linking CXX static library bsdyengine.a
[  1%] Built target bsdyengine
[  1%] Generating qrc_navigatetool.cxx
[  1%] Generating moc_navigatetool.cxx
[  1%] Generating ui_navigatesettingswidget.h
Scanning dependencies of target navigatetool
[  2%] Building CXX object libavogadro/src/tools/CMakeFiles/navigatetool.dir/navigatetool.cpp.o
[  2%] Building CXX object libavogadro/src/tools/CMakeFiles/navigatetool.dir/eyecandy.cpp.o
In file included from /home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/include/avogadro/Painter.h:33:0,
                 from /home/surya/avogadro-master/libavogadro/src/tools/eyecandy.cpp:30:
/home/surya/avogadro-master/build/libavogadro/include/avogadro/primitive.h:42:23: warning: ‘Avogadro::FALSE_ID’ defined but not used [-Wunused-variable]
   const unsigned long FALSE_ID = std::numeric_limits<unsigned long>::max();
                       ^
[  2%] Building CXX object libavogadro/src/tools/CMakeFiles/navigatetool.dir/moc_navigatetool.cxx.o
[  2%] Building CXX object libavogadro/src/tools/CMakeFiles/navigatetool.dir/qrc_navigatetool.cxx.o
[  2%] Linking CXX static library navigatetool.a
[  2%] Built target navigatetool
[  2%] Generating libavogadro_sv.qm
lconvert: could not exec '/usr/lib/x86_64-linux-gnu/qt4/bin/lconvert': No such file or directory
libavogadro/src/CMakeFiles/avogadro.dir/build.make:486: recipe for target 'libavogadro/src/libavogadro_sv.qm' failed
make[2]: *** [libavogadro/src/libavogadro_sv.qm] Error 1
CMakeFiles/Makefile2:148: recipe for target 'libavogadro/src/CMakeFiles/avogadro.dir/all' failed
make[1]: *** [libavogadro/src/CMakeFiles/avogadro.dir/all] Error 2
Makefile:149: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2
2
user3241355

Sie können siehe Überarbeitungen dieser Antwort , um zu bestätigen, dass die Version 1.2 unter Ubuntu 16.04 LTS aufgrund von Problemen mit OpenBabel-Funktionen und den damit verbundenen Abhängigkeiten nicht kompiliert werden kann.

Wir ziehen daher in Betracht, den Mechanismus schroot zu verwenden. Es wird ein kleines 18.04 LTS-System in Ihrem bestehenden 16.04 LTS-System erstellt. Beide verwenden dasselbe Dateisystem.

Um schroot einzurichten, müssen Sie die folgenden Befehle ausführen (einfach kopieren und einfügen):

Sudo apt-get install schroot debootstrap -y

cat <<EOF | Sudo tee /etc/schroot/chroot.d/bionic.conf
[bionic]
description=Ubuntu 18.04
directory=/srv/chroot/bionic
root-users=$USER
type=directory
users=$USER
EOF

Sudo mkdir -p /srv/chroot/bionic
Sudo debootstrap bionic /srv/chroot/bionic

cat <<EOF | Sudo tee /srv/chroot/bionic/etc/apt/sources.list
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu bionic main restricted universe multiverse
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main restricted universe multiverse
EOF

schroot -c bionic -u root apt-get update
schroot -c bionic -u root apt-get install avogadro

Um Avogardo 1.2 vom Terminal aus auszuführen, müssen Sie Folgendes ausführen:

schroot -c bionic env DISPLAY=:0.0 avogadro

Optional können Sie eine Avogadro.desktop -Datei dafür erstellen und auf dem Desktop ablegen:

cat <<EOF > ~/Desktop/Avogadro.desktop
[Desktop Entry]
Version=1.2
Name=Avogadro
GenericName=Advanced molecular editor
Comment=Molecular Graphics and Modelling System
Exec=schroot -c bionic env DISPLAY=:0.0 avogadro
Icon=/srv/chroot/bionic/usr/share/pixmaps/avogadro-icon.png
Terminal=false
Type=Application
Categories=Qt;Science;Chemistry;Physics;Education;
StartupNotify=true
MimeType=chemical/x-cif;chemical/x-cml;chemical/x-daylight-smiles;chemical/x-gamess-input;chemical/x-gamess-output;chemical/x-gaussian-log;chemical/x-mopac-out;chemical/x-pdb;chemical/x-xyz;chemical/x-gaussian-checkpoint;chemical/x-gaussian-cube;chemical/x-qchem-output;
EOF

chmod +x ~/Desktop/Avogadro.desktop

Und genießen Sie die Anwendung:

Avogadro 1.2 on 16.04 LTS

1
N0rbert
[email protected]:~(1)$ apt-cache search lconvert
libv4l-0 - Collection of video4linux support libraries
libv4l-dev - Collection of video4linux support libraries (development files)
libv4lconvert0 - Video4linux frame format conversion library
qt4-dev-tools - Qt 4 development tools
addresses-goodies-for-gnustep - Personal Address Manager for GNUstep (Goodies)
[email protected]:~(0)$ 

Müssen Sie einige dieser Pakete installieren?

0
waltinator