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conda - Wie installiere ich R-Pakete, die nicht in "R-essentials" verfügbar sind?

Ich verwende eine sofort installierte Anaconda-Installation, um mit Python zu arbeiten. Nun habe ich gelesen, dass es möglich ist, die R-Welt in diese Installation einzubeziehen und den IR-Kernel in das Jupyter/Ipython-Notebook zu verwenden.

Ich habe den Befehl zum Installieren einer Reihe bekannter R-Pakete gefunden: Conda install -c r r-essentials

Meine Anfängerfrage:

Wie installiere ich R-Pakete, die nicht im Paket R-essential enthalten sind? Zum Beispiel R-Pakete, die für CRAN verfügbar sind. "pip" funktioniert nur für PyPI-Python-Pakete, nicht wahr?

39
Frank

Nun habe ich die Dokumentation gefunden:

In dieser Dokumentation wird erläutert, wie R-Pakete generiert werden, die nur im CRAN-Repository verfügbar sind: https://www.continuum.io/content/conda-data-science

Gehen Sie zum Abschnitt "Conda R-Paket erstellen".

(Hinweis: Solange das R-Paket unter anaconda.org verfügbar ist, verwenden Sie diese Ressource. Siehe hier: https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r )

alistaire Antwort ist eine weitere Möglichkeit, R-Pakete hinzuzufügen:

Wenn Sie Pakete von innerhalb von R über den regulären install.packages (von CRAN-Mirrors) oder devtools::install_github (von GitHub) installieren, funktionieren sie einwandfrei. @alistaire

So gehen Sie vor: Öffnen Sie Ihre (unabhängige) R-Installation und führen Sie den folgenden Befehl aus:

install.packages("png", "/home/user/anaconda3/lib/R/library")

um ein neues Paket zur richtigen R-Bibliothek hinzuzufügen, die von Jupyter verwendet wird, wird das Paket andernfalls in /home/user/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.2/png/libs installiert, das in .libPaths ( ).

26
Frank

Um andere R-Pakete auf Jupyter zu installieren, die über R-essentials hinausgehen

install.packages('readr', repos='http://cran.us.r-project.org')

Ein Problem ist, dass das spezifische Repository der US.R-Project ist (siehe unten). Ich habe andere ausprobiert und es hat nicht funktioniert.

N.B. Ersetzen Sie readr durch einen beliebigen zu installierenden Paketnamen.

19
Yaw

Ich habe eine einfache Lösung gefunden. Ich nehme an, Sie haben ein RStudio IDE für Sie R. Es ist seltsam, RStudio dafür zu verwenden, aber ich habe es direkt aus R in meinem Terminal versucht und es hat nicht funktioniert. In der RStudio-Konsole fügen Sie einfach den Pfad zu Ihrem Anaconda-Verzeichnis hinzu (unter OSX "/ Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library").

So zum Beispiel 

install.packages('package','/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library')

Ich schäme mich, eine solche nicht schicke Antwort zu posten, aber dies ist die einzige, die für mich gearbeitet hat.

11
Deninhos

Hier ist eine kondazentrische Antwort. Sie baut auf Franks Antwort und der Kontinuums-Website auf: https://www.continuum.io/content/conda-data-science mit etwas mehr Details.

Einige Pakete, die nicht in r-essentials verfügbar sind, sind noch in Conda-Kanälen verfügbar. In diesem Fall ist es einfach:

conda config --add channels r
conda install r-readxl

Wenn Sie ein Paket erstellen und mit conda installieren müssen:

conda skeleton cran r-xgboost
conda build r-xgboost
conda install --use-local r-xgboost

diese letzte Zeile fehlt auf der Kontinuum-Website, da sie davon ausgehen, dass sie zuerst im Anaconda-Repository veröffentlicht wird. Ohne diese Option wird nichts in das envs/-Verzeichnis gestellt und das Paket ist für die Befehlszeile R oder Jupyter nicht zugänglich.

Auf einem Mac fand ich es wichtig, den Clang-Compiler für Package Builds zu installieren:

conda install clangxx_oxs-64
7
Ziggy Eunicien

Ich hatte ein Problem, als ich versuchte, ein Paket von github mit install_github("user/package") in conda mit r-essentials zu installieren. Die Fehler waren vielfältig und nicht beschreibend.

Konnte ein Problem mit den folgenden Schritten beheben:

  • laden Sie das Paket lokal herunter und entpacken Sie es
  • aktiviere die richtige Conda-Umgebung (falls erforderlich)
  • führen Sie R von der Befehlszeile aus
  • library(devtools)
  • install('/path/to/unzipped-package')
  • Befehl fehlgeschlagen wegen fehlender Abhängigkeiten, aber jetzt weiß ich, was fehlt!
  • führe install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org') für alle Abhängigkeiten aus
  • führen Sie install('/path/to/unzipped-package') erneut aus. Jetzt sollte es klappen!
2
volodymyr

Installieren Sie rpy2 mit conda und fügen Sie die folgende Zeile in Ihr Jupyter-Notizbuch ein.

%load_ext rpy2.ipython

In den nächsten Abschnitten können Sie einfach einen beliebigen r-Code ausführen, indem Sie% R angeben

Unten ist meine bevorzugte Methode zum Installieren und/oder Laden von r-Paketen

%R if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
%R pacman::p_load(dplyr, data.table, package3, package4)

das Argument p_load wird install + load das Paket wenn es nicht in Ihrer lib vorhanden ist, sonst wird es einfach geladen. 

1
Pranav Pandya

Jemand schlug einen nicht so eleganten Weg vor, aber was elegant ist, solange es funktioniert.

install.packages ('package', '/ Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library')

Ich verbrachte fast einen ganzen Morgen damit, nach einer Antwort auf dieses Problem zu suchen. Ich konnte die Bibliotheken auf RStudio installieren, aber nicht auf Jupyter Notebook (sie haben verschiedene R-Versionen). Die obige Lösung funktionierte "fast", es war nur so, dass ich feststellte, dass das Jupyter Notebook versuchte, in einem anderen Verzeichnis zu installieren, und das wird der Fall sein welches Verzeichnis melden. Also habe ich nur das geändert und es hat einen Zauber gemacht ... danke an Dninhos

1
rojour

Fügen Sie es hier hinzu, so dass andere Anfänger, die bereits mit Jupyter-Notebooks mit Python arbeiten, daran interessiert sind, es mit R zu verwenden: Weitere für Anaconda verfügbare Pakete können über das Terminal installiert werden, indem derselbe Befehl verwendet wird, mit dem die wesentlichen Pakete installiert werden.

R-essentials installieren

conda install -c r r-essentials

Installieren Sie Microbenchmark (Infrastruktur, um die Ausführungszeit von R-Ausdrücken genau zu messen und zu vergleichen)

conda install -c r r-microbenchmark
1
A. Beal

So installieren Sie ein CRAN-Paket über die Befehlszeile:

R --slave -e "install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org')"
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Alf Eaton